- Exhibición a cubierto: se representan las cuatro regiones geográficas del estado de Sonora: montaña, praderas, desierto y el mar de Cortés. En cada una de ellas se indican características como ubicación geográfica y extensión, tipo de flora, fauna, clima y topografía. En esta área se comprenden sólo organismos de tamaño pequeño.
- Exhibiciones al descubierto: se exponen especies de mayor tamaño, teniéndose la posibilidad de comparar las propias del estado con las de otros lugares del mundo.
El Centro Ecológico cuenta con un jardín botánico que busca proteger, conservar y exhibir las diferentes especies de plantas del desierto de Sonora, en especial las que se encuentran en peligro de extinción; un invernadero que permite comparar la vegetación típica del estado con aquella propia de las regiones tropicales del país y un vivero para la reproducción de plantas.
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